Dálkové vlaky směr Praha – Olomouc pojedou v upravených časových polohách, ve kterých už bude zohledněno zdržení kvůli výluce a nutnost kyvadlového řízení dopravy v jednokolejném úseku. Některé spoje linek Ex2 (Praha – Vsetín – Žilina) a R18 (Praha – Luhačovice) pojedou v úseku Praha – Česká Třebová vzájemně spojeny. Omezení se dotkne i cest z Prahy do České Třebové a dál po koridoru do Olomouce. U linek Ex1, Ex2 a R1 však půjde jen o změny časové polohy některých vlaků, doplnění některých zastávek (např. vlaky Ex 112 – 117 a Ex 140 – 145 zastaví nově v Chocni) a podobné provozní úpravy, které souvisejí s nižší kapacitou tratě v opravovaných úsecích. K posunu času dochází také u spojů Leo Express.