Profesor Jan Štěpán hrál významnou roli při obnovení katedry filozofie FF UP po listopadu 1989, což pak potvrzovala i skutečnost, že tuto katedru v letech 1990–1998 vedl. Mezi studenty byl profesor Štěpán oblíbený; díky jeho výbornému pedagogickému působení patřil i jinak velmi náročný obor logika u studentů k oblíbeným předmětům. 

V roce 1997 byl jmenován profesorem logiky a na katedře filozofie nadále vyučoval. V letech 1997–2006 zastával funkci proděkana FF UP pro vědecko-badatelské záležitosti. Dlouhá léta byl také členem Akreditační komise ČR a předsedou její pracovní skupiny pro filozofii, teologii a religionistiku. V roce 2015 byl jmenován čestným profesorem Slezské univerzity v Katovicích.

Odborně se pohyboval na pomezí filozofie a logiky. Zabýval se zejména deontickou logikou, principy výstavby a strukturou normativních systémů, noetickými a ontologickými podmínkami normotvorby, transparentní intenzionální logikou i filozofickými aspekty a předpoklady logiky. Věnoval se rovněž problematice dedukce, logice možných světů a rekonstrukci filozofické logiky. V oblasti filozofie a logiky publikoval řadu knih, vysokoškolských skript a odborných článků. 

Zdroj: Žurnál UPOL a Rej.cz